Фамилия Кившин — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, образовалось от глагола, а не от имени или профессии. В основе лежит древнерусское слово «кившить» — то есть кивать, качать головой, клониться в сон. Так могли прозвать человека с характерной привычкой: задумчивого, постоянно кивающего в такт мыслям, или же того, кто часто клевал носом во время беседы. Модель образования проста: глагольная основа «кив-» плюс суффикс -ш-, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на активное действие (сравните «крившин» от «кривить», «мальчиш» от «малить»). Затем к прозвищу Кивша прибавился патронимический суффикс -ин, означающий «сын Кивши». Таким образом, первый носитель фамилии был сыном человека по прозвищу Кивша.

Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным регионам России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с этим прозвищем в Вятской и Костромской губерниях. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с суффиксом -ш- отмечена как типичная для северных говоров. Второй, менее вероятный вариант происхождения — от диалектного слова «кивша» (ушат, кадка). В этом случае фамилия означала бы «сын бочара» или человека, торгующего деревянной посудой. Но глагольная версия выглядит убедительнее: прозвища по поведению давались чаще, чем по предметам быта, а суффикс -ш- именно в глагольных основах даёт живую, образную характеристику.

Фамилия сохранила редкий суффиксальный тип, который почти не встречается в современных русских фамилиях, образованных от прозвищ. Она не имеет отношения к финно-угорским корням, хотя в некоторых источниках её ошибочно связывают с коми-зырянскими словами. На деле это чисто русская, диалектная фамилия, которая рассказывает о предке больше, чем иная дворянская: он был заметен не делом, а манерой — тем, как сидел, слушал, думал.