Фамилия Кизарисова — женская форма от мужской Кизарисов, и почти наверняка её основа — географическое прозвище. В русской ономастике суффикс -ов со значением принадлежности (чей? — сын Кизариса) стандартен, но вот само имя или прозвище Кизарис — редкое. Наиболее вероятное объяснение: человек получил такое прозвище по месту, откуда пришёл. Речь может идти о населённом пункте Кесария (в русской традиции часто передавалось как Кисария или Кизария) — так назывались несколько городов в Византии, самый известный — Кесария Каппадокийская. Выходцев оттуда на Руси могли звать «кисарин» или «кизарин», а их детей — Кизарисовыми. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -инов/-итов от названий городов и народов (например, Гречинов, Литвинов) в русской среде встречаются, а суффикс -ис вместо -ин — возможная искажённая форма через греческое посредничество или диалектное произношение.

Вторая версия, менее надёжная, но возможная: Кизарис — это переделанное крестильное имя. В святцах есть имя Кесарий (от лат. Caesar — «цезарь, император»), которое в народе могли произносить как Кесарис, Кизарис. В таком случае фамилия Кизарисов — отчество, означающее «потомок Кесария». Однако форма с корнем «киз-» (а не «кес-») встречается редко и скорее указывает на южнорусские или украинские говоры, где «е» переходило в «и».

Третья, совсем узкая гипотеза: прозвище Кизарис могло быть связано с тюркским словом «кизар» — «краснеть, румяниться» (ср. тат. кызару). Но суффикс -ис для тюркских заимствований нетипичен, поэтому эта версия слабая.

Фамилия очень редкая. В открытых источниках нет данных о массовом бытовании Кизарисовых в каком-то одном регионе, что подтверждает её локальное, почти единичное происхождение. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо выходцем из южных земель (связь с Византией через Кесарию), либо потомком человека по имени Кесарий, чьё имя записали на слух в церковной книге с искажением. Сословная принадлежность неясна — такие фамилии встречались и у крестьян, и у мещан, и у духовенства.