Фамилия Кизаев — один из тех случаев, когда за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй, и выбрать единственную версию мешает редкость исходного имени. В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Кизай. Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В языках тюркской группы корень «киз» означает «девочка», «дочь» или «девушка». Соответственно, Кизай — это имя-оберег, которое давали мальчику, чтобы обмануть злых духов: считалось, что они не позарятся на «девочку» и оставят ребенка в покое. Подобная практика широко известна у татар, башкир, казахов и других народов — отсюда и фамилии Кизаев, Кизяев, встречающиеся в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — что Кизай — это вариант крестильного имени Козьма (Кузьма) в народном произношении. В русских говорах имя Кузьма могло звучать как «Кизьма», а от него через уменьшительную форму «Кизай» и появилась фамилия. Правда, эта гипотеза слабее, потому что от Кузьмы в России гораздо чаще образовывали фамилии Кузьмин, Кузнецов, Козлов, а форма «Кизай» для него нетипична. Тюркское объяснение выглядит убедительнее ещё и потому, что фамилия Кизаев практически не встречается в центральных и северных областях России, зато фиксируется в регионах с сильным татарским и башкирским влиянием.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кизаев буквально означает «сын Кизая». Если исходить из тюркской версии, то предок носителя фамилии был человеком, которого в детстве назвали «девочкой» для защиты, и это прозвище закрепилось за ним на всю жизнь. Со временем оно перешло в фамилию, потеряв первоначальный обрядовый смысл. Среди однокоренных фамилий можно назвать Кизяев, Кизеев, Кизяков — все они восходят к тому же корню с разными суффиксами, что подтверждает устойчивость этого имени в тюркской среде.

Что касается социального статуса, то фамилия Кизаев не дворянская и не купеческая — скорее всего, её носили крестьяне или мещане, нередко из числа служилых татар или башкир, которые переходили в русское подданство и получали фамилии по отцу. Точных данных о сословной принадлежности нет, но по географии распространения можно предположить, что большинство Кизаевых — потомки тюркских народов, принявших православие или сохранивших мусульманскую веру, но уже в русской фамильной форме.