Фамилия Кизатова — женская форма, а её основа скрывается в мужском варианте Кизатов. Сразу бросается в глаза нетипичный для русских фамилий корень «Киз-». Он не связан с привычными русскими именами или прозвищами, а указывает на тюркское происхождение. В татарском, башкирском, казахском языках слово «киз» или «кыз» означает «девочка», «дочь». Фамилию образовали от прозвища Кизат — так могли назвать долгожданную дочь, единственную девочку в семье, или же человека, который воспитывал чужих детей. Суффикс -ов типичен для русской модели адаптации иноязычных фамилий: к тюркской основе добавили русский патронимический суффикс, чтобы вписать фамилию в систему русских родовых имён.

Вторая, менее вероятная версия связывает корень с арабским «киса» — рассказ, история. В этом случае прозвище Кизат мог получить сказитель, рассказчик былин или знаток родословных. Но такое толкование встречается реже, поскольку в тюркских языках «кыз» — одно из самых частотных слов, и именно от него охотнее образовывали личные имена и прозвища.

Географически фамилия Кизатова чаще всего встречается среди татар и башкир, особенно в Татарстане, Башкортостане и в Оренбургской области. Там же бытуют однокоренные фамилии — Кизатов, Кизин, Кизяев. В XIX веке носители фамилии относились к государственным крестьянам или тептярям — сословию, которое платило подати, но не было крепостным. Сословная принадлежность у фамилии невысокая: в дворянских родословных книгах Кизатовы не числятся, что указывает на крестьянские или мещанские корни.

По написанию фамилия устойчива: в дореволюционных метрических книгах встречаются варианты Кызатов и Кизатов, но современная форма закрепилась через «и». Ударение в говорах плавает: одни произносят КизАтова, другие — КизатОва, что характерно для фамилий тюркского происхождения, попавших в русскую среду.