Фамилия Кизатов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта явно связана с прозвищем или дохристианским именем.

Основа фамилии — «Кизат». В русских говорах, особенно на северо-востоке и в Сибири, слово «киза» или «кизат» могло означать что-то мелкое, неказистое или юркое. В вятских и пермских говорах «киза» — это ласка, а также прозвище маленького, подвижного человека. В тюркских языках, которые активно влияли на русские фамилии в Поволжье и Приуралье, есть корень «киз» (зима, зимовать) или «кыз» (девушка, дочь). Поэтому Кизатов могло быть русифицированной формой татарской или башкирской фамилии Кызатов (от «кыз» — дочь, то есть «сын девушки» или «приёмный»).

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Кизатов, то есть сын или потомок Кизата. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в русскоязычной среде, скорее всего, среди крестьян или однодворцев южных и восточных губерний. Встречается она в основном в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане — как раз на стыке славянского и тюркского миров.

Версия с прозвищем «Кизат» от слова «киза» (мелкий, юркий) кажется более правдоподобной для чисто русской среды: прозвища часто давали по внешности или характеру. Тюркская версия (от «кыз») сложнее, так как требует объяснения перехода «ы» в «и» — это могло произойти при адаптации фамилии в русских документах XIX века, когда писарь записал на слух. Спорных гипотез здесь две, и обе имеют право на жизнь, но первая — прозвищная — проще и естественнее для русского словообразования.

Примечательно, что фамилия не попала в массовые дворянские списки. Её носители — это, скорее всего, государственные крестьяне или казаки, которые получили фамилию по уличному прозвищу предка. Встречается также вариант написания Кизятов — с ударением на второй слог, что может указывать на местный говор.