Фамилия Кизилбеков — составная, образована от имени Кизилбек. Такие двухкомпонентные имена характерны для тюркских народов, и каждая часть имени несёт свой смысл.

Первая часть — «кизил» — по-тюркски значит «красный». Вполне вероятно, что такое именование указывало на особенности внешности его носителя: так могли назвать рыжеволосого или румяного человека. Но у слова «кизил» есть и другой, не менее важный оттенок. В тюркской культуре красный — цвет радости, богатства и жизни. Поэтому имя Кизилбек могло выступать как охранительное: родители давали его, чтобы привлечь к сыну удачу и достаток, как бы «запрограммировать» счастливую судьбу.

Вторая часть имени — «бек». У тюркских народов Средней Азии это слово означало титул землевладельца, «властитель, господин». В составе имени «бек» подчёркивало знатность и высокое положение человека, его власть и достоинство. Таким образом, имя Кизилбек можно перевести как «красный (счастливый, богатый) господин» или «сияющий властелин».

Отдельно стоит сказать о возможной связи с растением кизил. Этот кустарник с тёмно-красными ягодами растёт на Украине, в Молдавии, Крыму и на Кавказе. Согласно греческой легенде, кизил вырос из копья Ромула, основателя Рима: он очертил границы будущего города, с силой воткнул копьё в землю, и оно расцвело кизиловым деревцем. Однако для фамилии Кизилбеков эта версия менее вероятна: «кизил» здесь — часть имени, а не прозвище от места или занятия. Тем не менее, если носители фамилии жили в регионах, где кизил распространён, такая ассоциация могла закрепиться в народной этимологии.

В документах начала XX века упоминается носитель фамилии: Кизилбеков Аслан-Герей, проживавший в Кувинском районе, в ауле Кувинский. Это подтверждает, что фамилия бытовала на Кавказе, в среде тюркоязычных народов.