Фамилия Кизиляева — редкий случай, когда основа, скорее всего, связана не с именем или профессией, а с географическим объектом. В её центре — слово «кизил», кустарник с ярко-красными съедобными ягодами. Если бы фамилия звучала как Кизилов или Кизилёв, вопросов бы не было: типичная «растительная» фамилия по образцу Калинин, Малинин. Но суффикс «-яев» (в мужском варианте Кизиляев) указывает на другую модель образования.

Фамилии на «-яев» обычно происходят от прозвищ, образованных от тюркских или местных диалектных основ (сравните: Баляев, Коряев, Ширяев). Однако в случае с Кизиляевым версия с прозвищем «Кизиляй» (человек, похожий на кизил — краснолицый, коренастый) выглядит натянутой. Гораздо правдоподобнее, что фамилия — топонимическая. На Кавказе, в Дагестане и в Крыму есть несколько сёл с названием Кизил-Яр («Красный обрыв» или «Красное ущелье»). Житель такого села мог получить прозвище «Кизиляй» — «тот, кто из Кизил-Яра». Со временем прозвище превратилось в фамилию Кизиляев (сын Кизиляя). Суффикс «-ев» здесь закономерен: если основа оканчивается на «-ай», в родительном падеже появляется «-я» (Кизиляя — Кизиляев).

Вторая, более прозаичная версия, — искажение при переписи. В документах XIX века фамилию могли записать на слух: вместо Кизилёв (от кизила) или Кизильев (от названия села Кизильское на Урале) писарь вывел Кизиляев. Такие ошибки нередки: в погоне за «благозвучным» окончанием «-ев» терялась исходная форма. Подтвердить или опровергнуть это можно только по архивным метрическим книгам конкретного региона.

Географически фамилия сегодня встречается разрозненно, но тяготеет к южным областям России — Краснодарскому краю, Ростовской области, а также к Поволжью. Это косвенно подтверждает «южное» происхождение от кизила или от кавказских топонимов. Сословная принадлежность предков неясна: фамилия не даёт подсказок — её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане.