Фамилия Кизюн — одна из тех украинских фамилий, в которых отчетливо слышен тюркский след. Исторические связи Украины с Крымским ханством и Османской империей, многовековое соседство и торговля привели к тому, что в украинском ономастиконе закрепилось немало фамилий, образованных от тюркских корней. Кизюн — из их числа.

Вероятнее всего, в основе фамилии лежит прозвище Кизюн. Тюркская версия предлагает два возможных источника. Первый — от кыпчакского слова «qiz» («дочь»). В таком случае Кизюном могли прозвать отца, у которого было много дочерей. Второй вариант — от тюркского «көз» («глаз»), что указывало бы на человека с острым, хорошим зрением. Оба значения вполне типичны для прозвищного имени: они описывают заметную черту человека или его семьи.

Существует и альтернативная, менее распространенная гипотеза, связывающая фамилию с литовским словом «kizy» — «жеребенок». Она отсылает к занятиям предка: возможно, основатель рода Кизюн держал лошадей или занимался разведением скота. Эта версия менее вероятна с точки зрения географии фамилии, но полностью исключать её нельзя — литовское влияние на украинские земли, особенно в определенные исторические периоды, тоже было ощутимым.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -юн (как в фамилиях Костюн, Харюн) характерен для украинской антропонимии и указывает на прозвищное происхождение. Фамилия Кизюн не получила широкого распространения за пределами Украины и встречается относительно редко, что только подчеркивает её локальный, вероятно, западно- или южноукраинский характер.