Фамилия Ккунов — редкий случай в русской ономастике, когда написание бросается в глаза раньше, чем значение. Двойное «к» в начале не свойственно исконно русским фамилиям, и это сразу подсказывает, что перед нами не стандартная модель, а либо искажение исходной формы, либо влияние другого языка.

Словообразовательная модель здесь простая: основа «Ккун-» плюс типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ккуна). Значит, в основе лежало прозвище или некалендарное имя Ккун. Но откуда оно взялось? Первая и самая вероятная версия — это описка или народное переосмысление фамилии Кунов. Фамилия Кунов встречается чаще и образована от прозвища Кун (от тюркского «кун» — день или «кун» — солнце, либо от древнерусского «кун» — куница, пушной зверь). При оформлении документов или в бытовой речи двойное «к» могло возникнуть из-за акцента на первом слоге или приставного звука: «К Кунову» — «Ккунов». Такое удвоение — характерная черта простонародной или диалектной записи, когда писарь механически повторял букву, услышав звонкое произношение.

Вторая версия, менее распространённая, но возможная, — связь с южнославянскими или балканскими фамилиями, где двойные согласные встречаются чаще. Например, сербская фамилия Ккун (с ударением на «у») могла быть русифицирована добавлением суффикса -ов. В этом случае исходное прозвище могло означать что-то вроде «кукушка» (звукоподражательное) или быть вариантом личного имени.

Третья, самая редкая гипотеза — происхождение от древнерусского слова «ккун» как обозначения человека с кривыми ногами или хромого (от диалектного «ккуцый» — короткий, хромой). Но это лишь догадка, не подтверждённая словарями.

Географически фамилия Ккунов почти не встречается. В современных базах данных она единична, что говорит о её крайней редкости и локальном бытовании, возможно, в среде старообрядцев или в отдалённых сёлах, где ошибки записи закреплялись в официальных документах. Сословная принадлежность предков неясна, но суффикс -ов указывает на крестьянское или мещанское происхождение, без дворянской приставки.

Таким образом, Ккунов — это, скорее всего, искажённая форма более распространённой фамилии Кунов, застывшая в написании из-за случайности или местного говора.