Фамилия Клалько — редкая, и её происхождение неочевидно. Судя по окончанию «-ко», она имеет украинские или белорусские корни: суффикс «-ко» характерен для фамилий, образованных от прозвищ или имён в этих регионах. Основа «Клаль-» не встречается в распространённых славянских именах, поэтому её стоит искать в диалектной лексике или иноязычных заимствованиях.

Наиболее правдоподобная версия — связь с польским или белорусским словом «клаль» (kłał), что означает «клал» (в значении «укладывал», «настилал»). В таком случае фамилия могла возникнуть как прозвище человека, занимавшегося укладкой чего-либо: камня, дров, сена. В польских говорах «клаль» также могло относиться к плотнику или строителю, который «клал» стены. Альтернативная, но менее вероятная гипотеза — искажение от немецкого «Kläger» (жалобщик) или «Klaue» (коготь), но для этого нет достаточных исторических оснований — фамилия не встречается в немецких переписях.

Словообразовательная модель проста: прозвище Клаль (или Клалько в уменьшительно-пренебрежительной форме) + суффикс «-ко», который в украинской традиции часто закреплялся за потомками. Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, человеком, которого окружающие называли «Клаль» — за манеру или профессию. Географически фамилия могла возникнуть на западе современной Украины или в приграничных с Польшей районах Беларуси, где влияние польского языка сильно.

В официальных источниках фамилия Клалько встречается крайне редко. Она не фигурирует в крупных ономастических словарях (например, у Унбегауна или Веселовского), что говорит о её локальном бытовании. Носители, скорее всего, принадлежали к крестьянскому или ремесленному сословию — никаких сведений о дворянских родах с такой фамилией нет.