Фамилия Клан — редкий случай в русской ономастике, где иностранное слово прижилось в качестве родового имени, но при этом не очевидно, кем и когда оно было заимствовано. В отличие от большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев, -ин, основа «Клан» стоит в чистом виде, без патронимического окончания. Это сразу указывает на то, что фамилия либо поздняя, либо нерусская по происхождению.

Самая простая версия — прозвище. В русских говорах слово «клан» не фиксируется в значении «род» или «группа» — это заимствование из кельтских языков, которое попало в русский язык через литературу и исторические романы XIX века. Однако прозвище могли дать не за «родовитость», а по созвучию: например, от диалектного «кланя» — так в некоторых областях называли крикливого, навязчивого человека или того, кто постоянно кланяется, просит. Вторая бытовая версия — от глагола «класть»: «кланом» в артелях могли называть укладчика, грузчика, того, кто отвечал за складирование.

Географически фамилия Клан встречается спорадически, без выраженного «гнезда». Наибольшая концентрация — в Санкт-Петербурге и на северо-западе России, что косвенно указывает на возможное немецкое или прибалтийское происхождение. В немецком языке «Klan» — вариант фамилии Klahn, Klann, восходящей к нижненемецкому «klan» — звонкий, чистый (о звуке). Немцы-переселенцы, осевшие в Прибалтике и Петербургской губернии, могли русифицировать написание, отбросив вторую «н» или «h».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кланов, Кланин — показывает, что форма без суффикса встречается реже. Это подкрепляет версию о заимствовании: «Клан» не переосмысливался русским языком как основа для типичной фамильной модели, а сохранился в исходном виде, как, например, фамилии Шмидт или Вагнер. Таким образом, предки носителя фамилии Клан с высокой вероятностью были либо выходцами из немецкоязычной среды, либо получили прозвище в среде, где слово «клан» имело бытовое, а не книжное значение.