Фамилия Кланин — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, дали не за профессию или внешность, а за звук. В основе лежит звукоподражательное «клан» — звон, лязг, металлический стук. В русских говорах «кланять» означало «звонить, бряцать», а «кланя» — колокол или било. Прозвище Кланя могли дать звонарю, кузнецу, который работал с металлом, или просто человеку с громким, зычным голосом.

Модель образования типична для русского севера и центра: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Кланин — «сын Клани», то есть потомок человека по прозвищу Кланя. Ударение, скорее всего, падает на первый слог, как и в исходном слове. В документах XVII–XVIII веков фамилия могла писаться через «о» — Клонин, если в говоре звук «а» редуцировался, но в современном виде закрепился именно вариант с «а».

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, где диалектное слово «кланя» было в ходу. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в одном селе или приходе, и прозвище не разошлось широко.

Сравните с однокоренными: Кланов — более частый вариант, где основа «клан» могла быть и тюркским именем (от «клан» — «род»), но для Кланина тюркская версия маловероятна. Суффикс -ин здесь крепко привязан к русской уменьшительной форме, а не к заимствованному корню.