Фамилия Канин образована от прозвища или мирского имени Каня. В основе лежит название птицы — каня (или канюк). Так на Руси называли вид филинов, чей крик напоминает жалобный плач. От этого же корня пошёл глагол «канючить» — надоедать просьбами, выпрашивать. Поэтому прозвище Каня могли дать человеку навязчивому или капризному.

Но есть и другая версия: Каня — это не прозвище, а дохристианское мирское имя. Родители называли так ребёнка, чтобы природа приняла его за своего и передала ему полезные качества птицы. Такая практика была распространена в древности, когда люди верили в магическую связь с животным миром.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Канин — это «сын Кани» или «человек из рода Кани». По такой же модели образованы многие русские фамилии от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я.

Фамилия Канин встречается в разных регионах России, но особенно часто — в северных и центральных областях. Известен топоним Канин Нос — мыс на одноимённом полуострове в Архангельской области. Впрочем, связь фамилии с этим географическим названием маловероятна: скорее всего, они развивались независимо.

Таким образом, предки современных Каниных могли быть либо людьми с настойчивым характером, из-за чего получили прозвище Каня, либо потомками тех, кто носил древнее славянское имя Каня, данное в честь птицы.