Фамилия Канинина, как и большинство русских фамилий на -ин, образована от личного имени или прозвища. В основе лежит слово «канина» — так в старых русских говорах называли мясо собаки или, реже, кобылы. Однако вряд ли предок носителя фамилии промышлял таким сомнительным мясом. Скорее, прозвище Канина дали человеку с какими-то собачьими чертами: верному, как пёс, или, наоборот, злому и кусачему, либо тому, кто держал много собак. Есть и другая, более спокойная версия: фамилия могла пойти от нецерковного имени Канина, которое в древности давали детям как оберег (считалось, что имя с «собачьим» значением отпугивает злых духов).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Канинин буквально означает «сын Канины» или «из рода Каниных». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. Встречается Канинина нечасто, это редкая фамилия, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от одного корня в конкретной деревне или волости.

Стоит отметить, что фамилия могла возникнуть и от названия населённого пункта вроде Канино (такие сёла есть в Архангельской, Вологодской и других областях). В этом случае Канинин — это человек, вышедший из Канина. Но тогда ждали бы форму Канинов или Канинский, поэтому прозвищное происхождение выглядит правдоподобнее. В любом случае, фамилия Канинина хранит память о прозвище, которое дали предку за характер или занятие, и сегодня звучит для нас загадочно и необычно.