Фамилия Канин — редкий случай, когда прозвище и мирское имя могли совпасть в одном корне. В основе лежит слово «каня» — так в некоторых русских говорах называли филина или канюка. Птица эта известна не столько грозным видом, сколько жалобным, тягучим криком. Отсюда же пошёл глагол «канючить» — надоедать просьбами, выпрашивать с настойчивостью, от которой не отмахнуться.

Скорее всего, прозвище Каня давали человеку, который обладал такой же манерой: капризничал, ныл или донимал просьбами. Но есть и вторая версия: имя Каня могло быть мирским, охранительным. В древнерусской традиции ребёнка нарекали именем птицы или зверя, чтобы природа приняла его как своего, передала ему свои качества — в случае с филином это могли быть чуткость, ночное зрение, скрытность.

Оба объяснения ведут к одной фамильной модели: суффикс -ин указывает на принадлежность — Канин значит «сын (или потомок) Кани». Такая форма характерна для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я: Канин, Кузьмин, Ильин.

Географически фамилия не привязана к одной области — она встречается и в центральных регионах, и на Севере, что говорит о давнем бытовании прозвища. Среди однокоренных — Каничев, Канищев, Канюков, но Канин стоит особняком из-за краткой основы и прямого выхода на птичье прозвище без дополнительных суффиксов.