Фамилия Клапоток — редкий случай, когда основа слова сохранила почти неизменным своё исходное звучание, но при этом вызывает вопросы. В русском языке слово «клопот» (или «клопотать») не существует, а вот в украинском и польском «клопіт» означает «хлопоты, заботы, беспокойство». Человек по прозвищу Клопоток — тот, кто жил в хлопотах, много работал, не покладая рук, или же, наоборот, суетливый, беспокойный. Окончание -ок в данном случае — не суффикс уменьшительности (как в «цветок»), а скорее часть корня, застывшая в прозвищной форме. Фамилии на -ок в русской традиции встречаются, но не массово: Кочергок, Свисток. Здесь же мы видим не типичное для России окончание -ов/-ев, а чистую основу, что характерно для украинской модели образования фамилий (ср. Коваль, Бондарь, Клопот — без прибавления суффикса принадлежности).

География фамилии подтверждает западнорусское происхождение. Клапоток встречается в Брянской, Смоленской областях, на юге Беларуси и в западных областях Украины. Это зона, где украинские и белорусские говоры смешиваются с русскими, и прозвища часто оставались без патронимического суффикса. Если бы фамилия оформлялась по великорусскому образцу, мы бы имели Клапотков — сын Клапотка. Но этого не произошло, что говорит о сравнительно поздней фиксации фамилии в документах, когда модель «чистое прозвище» уже была распространена.

Есть и другая версия, менее вероятная, но не лишённая смысла. В некоторых диалектах «клапать» означало «стучать, хлопать», а «клапоток» — нечто стучащее или болтающееся. Тогда прозвище могло относиться к говорливому человеку, который «трещит без умолку», или к тому, кто работал с молотком — например, бондарь или плотник. Но связь с украинским «клопіт» выглядит убедительнее: семантика хлопот и заботы — одна из самых распространённых для прозвищ трудолюбивых людей. В словаре украинских фамилий Ю. Редько такое толкование приводится как основное для фамилии Клопот.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, крестьянская или мещанская. Фамилии, образованные от прозвищ, характеризующих поведение или род занятий, редко встречались в дворянской среде. В ревизских сказках XIX века Клапотки записаны в основном как государственные крестьяне и однодворцы южных уездов. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, что делает её хорошим маркером происхождения из определённого региона.