Фамилия Клеименов — один из тех случаев, когда написание сильно расходится с привычным слуху вариантом. Большинство людей, встречая эту фамилию, интуитивно произносят её как «Клеменов» или «Клименов», но буква «и» после «е» в корне выбивается из ряда. На самом деле перед нами не ошибка и не редкая диалектная форма, а результат исторического смешения двух разных имён: Клемент (Климент) и Клеймён.

Исходная основа — каноническое крестильное имя Клемент (от латинского clemens — «милостивый», «снисходительный»). В русской народной традиции это имя превратилось в Климент, а затем в просторечное Клим. От него пошли фамилии Климов, Клементьев, Клеменов. Но в некоторых говорах, особенно на юге и юго-востоке России, имя произносили с протетическим звуком «й»: Клеймён. Это диалектное явление — когда между гласными появляется несвойственный литературному языку йот. Так Клемён превратился в Клеймёна, а фамилия сына или внука такого человека — в Клеименов.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, связывает фамилию с прозвищем Клеймёный. Клеймили скот, рабов, преступников. Прозвище Клеймёный мог получить человек, нёсший на себе метку — либо реальную (тавро), либо переносную (например, опозоренный или отмеченный какой-то приметой). Однако эта гипотеза слабее: в русских фамилиях на -ов от причастий встречаются единичные случаи, а массовое бытование имени Клеймён как народной формы Климента подтверждается и переписными книгами XVII–XVIII веков.

Фамилия Клеименов — яркий пример того, как диалектная фонетика закрепилась в официальной записи. Носители этой фамилии встречаются в основном в южнорусских областях (Воронежская, Ростовская, Волгоградская), а также среди казачества, где имя Клеймён было особенно распространено. Суффикс -ов указывает на типичную модель патронимической фамилии: «чей?» — Клеименов, то есть сын Клеймёна.

В отличие от более частых Климовых и Клеменовых, Клеименовы сохранили в своём родовом имени живую народную речь, не подогнанную под книжную норму. Это не ошибка писаря, а точная запись того, как предка звали в его деревне.