Фамилия Клиишковская — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает происхождение. На первый взгляд кажется, что перед нами типичная польская или западнорусская фамилия на -ская, образованная от названия деревни вроде Клиишки или Клиишково. Но тут загвоздка: ни в одном доступном топонимическом справочнике таких населённых пунктов нет. Вероятнее всего, мы имеем дело с фонетическим искажением исходной формы, которая в документах могла выглядеть иначе.

Скорее всего, основа фамилии восходит к личному имени или прозвищу Клиш, Клий или Клия. В польской и украинской ономастике есть фамилии Клиш, Клишко, Клеш, образованные от имени Клеменс (латинское Clemens — «милосердный») или от диалектного глагола «клиш» (кривой, хромой). Двойное «ии» в корне могло возникнуть из-за особенностей записи: в старой польской орфографии удвоение гласных иногда обозначало мягкость или долготу звука. Таким образом, Клиишковская — это, по сути, вариант фамилии Клишковская, где «Клиш-» является прозвищной основой.

Модель образования типична для шляхетских фамилий Речи Посполитой. Суффикс -ск(ая) указывает на принадлежность к месту или роду. Женская форма на -ская говорит о том, что фамилия передавалась по мужской линии как Клиишковский. Носитель такой фамилии мог быть мелким шляхтичем, владевшим хутором или усадьбой, которую в народе называли «Клишки» или «Клишево» — по имени основателя. Второй вариант: фамилия могла возникнуть у крестьян, переселившихся из деревни, название которой в официальных документах записали с ошибкой.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: Беларусь, восточная Польша, западная Украина. Встречается она крайне редко, что подтверждает её локальный характер. Если сравнивать с однокоренными, то параллели видны с фамилиями Клишковский, Клешковский, Клишевский. Все они — вариации одной модели, различающиеся диалектным произношением или ошибками писцов. Для человека, ищущего свои корни, стоит проверить архивные записи именно под вариантами Клишковский и Клишевский — там шансов найти предков больше.