Фамилия Клишков — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корни, стоит заглянуть в диалектную лексику и историю прозвищ.

Наиболее вероятная версия связывает основу «Клиш-» со словом «клиш» или «клиша». В русских говорах «клишой» называли человека косолапого, с кривыми ногами, или того, кто ходит вразвалку. Прозвище Клиш или Клиша могли дать за характерную походку или особенности телосложения. От такого прозвища по модели «чей?» — «Клишков сын» и возникла фамилия. Суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть «потомок Клиша».

Вторая версия, менее распространённая, отсылает к слову «клиш» как варианту названия инструмента — «клеш» или «клещи». В этом случае прозвище мог получить кузнец или мастеровой, работающий с металлом. Однако эта гипотеза уступает первой по частотности: прозвища от физических недостатков давали гораздо чаще, чем от названий орудий труда.

Фамилия Клишков встречается в центральных и северных областях России, например, в Вологодской и Костромской губерниях, а также на Урале. Это указывает на возможное происхождение из среды крестьян-северян, где прозвища были особенно живучи.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к белорусскому или украинскому «кліш» (клешня рака) — в русской среде это заимствование маловероятно. Таким образом, предки Клишковых, скорее всего, были людьми с заметной, запоминающейся походкой, и прозвище закрепилось за родом на века.