Фамилия Клипан — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичного русского суффикса -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль: либо перед нами искусственно образованная фамилия (например, семинарская), либо её корни лежат за пределами великорусской ономастики.

Скорее всего, основа фамилии — прозвище или профессиональное имя. Самый прямой путь — от глагола «клипать», который в южнорусских и украинских говорах означает «хромать», «прихрамывать». Человек с такой походкой мог получить прозвище Клипан. Суффикс -ан в восточнославянских фамилиях нередко указывает на носителя признака: хромой — Клипан, горбатый — Горбан, лысый — Лысан. Такая модель продуктивна в украинской и белорусской среде, поэтому фамилия могла закрепиться на территории современной Украины или юга России.

Вторая версия — связь с ремеслом. Слово «клипа» или «клипка» в некоторых диалектах обозначало деревянную колодку, зажим или скобу. В этом случае Клипан — мастер, делавший такие приспособления: бондарь, плотник или кузнец. Точных словарных фиксаций этого значения мало, но оно логично вписывается в круг профессиональных прозвищ.

Третья, менее вероятная гипотеза — еврейское происхождение. Фамилия Клипан может быть вариантом от «Клиппер» или «Клипман», где корень связан с идишским словом «клип» (клещ) или немецким «Klippe» (скала, утёс). Однако без дополнительных генеалогических данных (например, записи в метриках черты оседлости) эта версия остаётся предположительной.

География фамилии сегодня размыта: носители встречаются в России, Украине, Беларуси, но нигде не образуют плотных гнёзд. В дореволюционных источниках Клипаны не фиксируются как дворянский род или известная купеческая династия — скорее всего, это фамилия крестьянская или мещанская, возникшая в XIX веке при массовом присвоении фамилий. В таком случае предок-носитель просто отличался походкой или занимался незамысловатым, но нужным ремеслом.