Фамилия Клипацкая — женская форма от Клипацкий, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -цкий (в женском роде -цкая) указывает на географическое происхождение: такие фамилии обычно получали выходцы из конкретного населённого пункта, название которого оканчивалось на -цы, -цк или имело похожую основу. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо помещиком, владевшим селом Клипацы (или Клипацк), либо, что встречалось чаще, крестьянином или мещанином, переехавшим в другую местность и записанным по месту прежнего жительства.

Корень «клип-» в русских говорах нечастый, но узнаваемый. Он восходит к диалектному глаголу «клипать» — хромать, припадать на ногу, или к существительному «клипа» — человек с такой походкой. В северных и сибирских говорах «клипа» также означало зайца (по косой походке) и даже применялось как прозвище для бойкого или увёртливого человека. Таким образом, топоним Клипацы мог возникнуть от прозвища первопоселенца: например, хутор Клипы или деревня Клипачей, где жили люди с характерной хромотой. В ономастике известен параллельный случай: фамилия Хромцов тоже пошла от прозвища, но через отчество, а не через название места — в этом отличие суффикса -цкий.

Географически фамилия Клипацкий/Клипацкая тяготеет к западнорусским и белорусским землям. В ревизских сказках XIX века встречаются носители в Могилёвской и Витебской губерниях, что подтверждает версию о балто-славянском пограничье: корень «клип-» мог смешаться с литовским «klibėti» (шататься, качаться), давая то же значение — неустойчивая походка. Однако основная масса фамилий на -цкий в тех краях — дворянские (шляхетские), так что не исключено, что Клипацкие происходят из мелкопоместной шляхты, владевшей усадьбой с характерным названием.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов вроде «Клипецкая» — это говорит о том, что основа не переосмысливалась в народе как «клепать» (стучать, ковать). Ударение, судя по типовой модели, падает на второй слог: Кли-па́ц-ка-я. В современном русском языке фамилия редкая, и её носители, скорее всего, рассеяны по разным регионам, но первоначальный ареал — западные области России и восток Беларуси. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Клипачёв (от «клипач» — хромой человек), но у Клипацкой иная модель образования: не отчество, а топонимическое прозвище, закреплённое за целым родом.