Фамилия Клипаков в своей основе имеет прозвище или нецерковное имя Клипак. Чтобы понять его происхождение, нужно разобрать словообразовательную модель, которая здесь не совсем типична для русских фамилий.

Суффикс -ак в русском языке часто образует имена существительные со значением лица по характерному действию или признаку (например, «гуляка», «здоровяк», «вожак»). В основе Клип- можно увидеть глагол «клипать». В диалектах русского языка, особенно северных и сибирских, «клипать» означает «хромать», «прихрамывать» или «ковылять». Соответственно, Клипак — это человек с хромотой, тот, кто клипает. Такие прозвища по физическим особенностям давали часто и без обидного оттенка — просто для узнавания в деревне.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «клипа» или «клипка» — это название небольшого клина, заострённого куска дерева или металла, а также детали в ткацком станке. Если предок был плотником, столяром или ткачом, его могли прозвать Клипаком за то, что он делал или использовал такие клинья. Однако эта версия слабее: прозвища по орудиям труда чаще образовывались через суффиксы -арь, -ник (Клипарник, Клипник), а не -ак.

Фамилия образована по стандартной для восточнославянских земель модели: к основе Клипак добавили типичный русский суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?» — сын Клипака). Таким образом, Клипаков — буквально «потомок Клипака».

С географической точки зрения фамилия редкая и локализованная. Основные очаги её бытования — Вологодская и Архангельская области, а также Зауралье (Курганская область). Это совпадает с ареалом распространения глагола «клипать», что делает первую версию (хромота) наиболее правдоподобной. Предки современных Клипаковых, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из северных русских регионов, где прозвище, данное за походку, закрепилось в качестве родового имени.

В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), Клипаков сохраняет суффикс -ов, что указывает на то, что исходное прозвище Клипак воспринималось как мужское имя с твёрдой основой. Встречается также вариант написания Клипаков с буквой «о» под ударением — ударение в фамилии стабильно падает на второй слог: Клипако́в.