Фамилия Клоповников — редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — слово «клоповник», которое в русских говорах имело два основных значения: растение (тысячелистник, пижма, полынь или другое, которым травили клопов) и место, где много клопов. Судя по суффиксу, фамилия не могла возникнуть от прозвища «Клоповник» напрямую — она образована от названия жителя или работника: клоповник — «тот, кто живёт в клоповнике» или «тот, кто занимается клопами». Модель типична для русских фамилий на -ов: сначала появилось прозвище Клоповник (по месту обитания или занятию), затем от него — Клоповников (чей? — сын Клоповника).

Если копнуть глубже, в словаре Даля «клоповником» называли не только траву, но и скученное, грязное жильё. В этом случае прозвище Клоповник могли дать человеку, который жил в тесноте и антисанитарии, — не обязательно в насмешку, а как бытовую характеристику. Вторая версия — ремесленная: в старину существовали люди, которые выводили клопов (например, окуривали избы серой или травами), и их могли называть клоповниками. Такая специализация была востребована в городах и на постоялых дворах, где насекомые были настоящим бедствием.

Фамилия почти не встречается за пределами России — это указывает на её позднее закрепление и узкую географию. Вероятнее всего, она возникла в центральных или южных губерниях, где проблема клопов стояла остро, а не в северных, где их было меньше. В документах XIX века Клоповниковы фиксируются как крестьяне и мещане, без связи с дворянством: фамилия слишком «низовая» по смыслу, чтобы попасть в гербовники. В современной России она редка — по открытым данным, её носят не более нескольких сотен человек, в основном в Поволжье и на Урале.

Однокоренные фамилии — Клопов, Клоповский — встречаются чаще, но Клоповников стоит особняком из-за суффикса -ник-, который добавляет оттенок постоянного занятия или свойства. Это не фамилия-памятник, а фамилия-характеристика: предок нынешних носителей либо жил в клоповнике, либо знал, как с ними бороться.