Фамилия Клопшина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Клопшин. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Клопшин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Клопша. Такая модель типична для фамилий, возникших в северных и центральных регионах России, где -ин закреплялся за основами на -а/-я.

Прозвище Клопша, скорее всего, связано с насекомым — клопом. В русских говорах и в ономастике прозвища, образованные от названий животных и насекомых, были обычным делом: они давались либо за внешнее сходство (например, маленький рост, приземистость), либо за назойливый или неуживчивый характер. Однако у слова «клоп» было и переносное значение — так могли называть человека маленького роста или того, кто «прилипает», надоедает. Суффикс -ш- в прозвище Клопша — редкий, но не уникальный: он мог придавать слову уничижительный или, наоборот, ласкательный оттенок, как в именах Гриша, Тиша, но с пренебрежительным подтекстом.

Версия, что основа происходит от диалектного глагола «клопшить» (например, бить, колотить или делать что-то небрежно), менее вероятна: такой глагол не зафиксирован в авторитетных словарях русских говоров. Также маловероятна связь с профессиональным термином, поскольку «клоп» в ремесленной среде не встречается.

В историческом контексте фамилия Клопшин могла возникнуть в крестьянской или мещанской среде, где прозвища были особенно живучими. В документах XVII–XVIII веков встречаются однофамильцы, например, крестьяне Клопшины в новгородских писцовых книгах, что подтверждает северное происхождение. Сословная принадлежность носителей фамилии в основном была низкой — крестьяне и посадские люди, реже — духовенство (в этом случае прозвище могло быть дано за смирение или, наоборот, за назойливость). Сегодня фамилия Клопшина встречается нечасто, но сохранилась в центральных областях России и в Сибири, куда переселялись крестьяне в XIX веке.