Фамилия Клопунова — женская форма мужской фамилии Клопунов. В основе её лежит прозвище или мирское имя Клопун. Вероятнее всего, так называли человека, связанного с клопами, но не в прямом, бытовом смысле («завшивевший»), а по роду занятий или поведению.

Самый реалистичный вариант: Клопун — тот, кто «клопит», то есть бьёт, колотит, стучит. В русских говорах глагол «клопать» означал «хлопать, шлёпать, бить плашмя». Отсюда же «клопуша» — деревянная колотушка, которой глушили рыбу подо льдом или отбивали бельё при стирке. Соответственно, Клопуном могли прозвать рыбака, который промышлял таким способом, или прачку, ремесленника, работающего с колотушкой. Прозвище давалось по орудию труда, как, например, Молот или Топор.

Вторая, менее вероятная версия, отталкивается от насекомого. В старину «клопом» могли дразнить придирчивого, въедливого человека (сравните: «клоповник» — сварливый человек). Однако суффикс -ун в русском языке активнее образует названия деятелей (бегун, крикун, плясун), чем просто носителей признака. Поэтому версия с действием («тот, кто клопает») этимологически убедительнее.

Фамилия Клопунов — довольно редкая. Она встречается в основном в северных и центральных областях России (Архангельская, Вологодская, Костромская), что косвенно подтверждает связь с рыболовным промыслом на северных реках, где глушение рыбы колотушкой было распространено. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Клопуна», то есть фамилия образовалась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища отца передавались детям.

Интересно, что фамилия Клопунов не имеет отношения к дворянским родам и не фиксируется в старых боярских списках. Это типичная «прозвищная» фамилия, которая рассказывает о ремесле или повадке далёкого предка, а не о его происхождении.