Фамилия Клякотко — один из ярких примеров того, как украинская словообразовательная модель накладывается на экспрессивную, звукоподражательную основу. В отличие от более привычных русских фамилий на -ов/-ев, суффикс -к(о) в украинском языке (а также в белорусском и польском) не уменьшительно-ласкательный, а указательный: он превращает прозвище или характеристику в фамилию, буквально называя человека «тем, кто такой-то». Клякотко — это «тот, кто клякочет» или «связанный с клякотом».

Корень «кляк-» в восточнославянских говорах имеет два круга значений. Первый — звуковой: глагол «клякотать» означает издавать горловые, булькающие или щёлкающие звуки, картавить, говорить невнятно. Второй круг связан с физическим действием — в некоторых диалектах «клякать» значит опускаться на колени, приседать, кланяться. Таким образом, прозвище Клякотко могли дать человеку с неразборчивой речью, картавому, либо тому, кто имел привычку часто кланяться или припадать на колено.

Версия о связи с чернильным пятном («клякса») хоть и лежит на поверхности, но лингвистически слаба. Слово «клякса» пришло в русский язык из немецкого (Klecks) и не дало продуктивных прозвищных форм с суффиксом -отк(о). Гораздо вероятнее, что фамилия Клякотко — фонетический вариант от Клекотько или Клякот: чередование «е/я» в корне характерно для украинских и южнорусских говоров. В словарях встречается фамилия Клякоть, а Клякотко — её патронимическая форма, указывающая на потомка человека по прозвищу Клякот.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу Украины, встречается в Черкасской, Винницкой и Хмельницкой областях, а также в приграничных районах Беларуси. В дореволюционных метрических книгах Клякотко почти всегда записаны как мещане или казаки — то есть свободное, не крепостное сословие, что косвенно подтверждает прозвищное, а не владельческое происхождение фамилии.

Сравните с однокоренными: Клячин (от «кляча»), Кляцко (от «кляц» — звук щелчка), Клякин. Клякотко выделяется именно суффиксом -отк(о), который в украинской ономастике чаще встречается в фамилиях от глагольных основ (Торохтко, Цокотко, Скреботко). Это даёт основание считать, что предок носителя фамилии был заметен не статичным признаком, а характерным действием — тем, как он говорил или двигался.