Фамилия Клякунов — яркий пример того, как прозвище, данное за характерный звук или манеру поведения, закрепилось в официальном родовом имени. В её основе лежит глагол «клякать» или «клячить». В разных русских говорах это слово имело схожие, но не тождественные значения: «клякать» означало издавать гортанные, булькающие звуки, квакать (часто о лягушке), а также плакать, всхлипывать, причитать. В некоторых областях «клякать» — это клянчить, выпрашивать что-то с настойчивостью и нытьём. Таким образом, прозвище Клякун мог получить человек с гнусавым или сиплым голосом, плаксивый ребенок, либо, наоборот, назойливый проситель.

Суффикс -ун в русском языке активно использовался для образования имён по действию: бегун, крикун, говорун. Клякун — тот, кто клякает. Это типичная модель для прозвищ, которые фиксировали заметную черту внешности или поведения. Фамилия образована по стандартной патронимической схеме с суффиксом -ов, то есть «сын Клякуна». Такая модель была основной для крестьян и посадских людей центральной России в XVII–XIX веках.

Интересно, что у фамилии есть омонимичный корень, связанный с письмом. «Клякса» — пятно от чернил, и отсюда тоже могло возникнуть прозвище Клякса или Клякун для неаккуратного писаря, ученика, который постоянно пачкал бумагу. Однако эта версия менее вероятна: слово «клякса» фиксируется в русском языке позже (XVIII век), чем глагол «клякать» с его звукоподражательным значением. Кроме того, прозвища по профессиональной неловкости встречаются реже, чем прозвища по голосу или поведению.

Географически фамилия Клякунов тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодской, Костромской, Нижегородской, Ярославской губерниям. В этих регионах диалектное слово «клякать» было особенно распространено. Можно предположить, что предок носителя фамилии жил в лесной или болотистой местности, где его прозвали за голос, напоминающий лягушачье кваканье, или за манеру говорить «в нос».

Встречаются варианты написания с одной «к» — Клякунов, но это скорее орфографическая ошибка, чем историческая норма. В старых метрических книгах фамилию могли записать и как Клякунов, и как Клякуновъ — на слух двойная согласная не слышалась. Родственными по корню можно считать фамилии Клячин, Кляквин, Кляков — все они восходят к тому же звукоподражательному гнезду.