Фамилия Клюфас — редкий случай, когда прозвище попало в официальный документ почти без изменений, сохранив свою первоначальную звуковую форму. В основе лежит немецкое слово Klufas, которое в южнонемецких диалектах означало «простофиля», «разиня» или «неловкий человек». В отличие от большинства русских фамилий, образованных через суффиксы -ов, -ин или -ский, Клюфас — это чистое прозвище, перешедшее в фамилию без дополнительного оформления. Такая модель типична для западнорусских земель, особенно для территорий, где было сильно немецкое влияние: Прибалтика, бывшая Новороссия, Поволжье.

Фамилия закрепилась в среде крестьян и мещан, которые получали прозвища от соседей за какую-то заметную черту характера или поведения. Если человек был медлительным, рассеянным или часто попадал в нелепые ситуации, его могли прозвать Клюфасом. В словаре немецких диалектов это слово фиксируется с XVI века, а в Россию оно попало, скорее всего, с волнами немецких колонистов при Екатерине II. В метрических книгах XIX века Клюфасы встречаются в Херсонской, Таврической и Саратовской губерниях — именно там располагались немецкие колонии, где русское население перенимало бытовые прозвища у соседей.

Интересно, что фамилия не получила женского варианта вроде Клюфасовой — она склоняется по мужскому роду как существительное (Клюфас, Клюфаса). Это дополнительно указывает на её позднее, прозвищное происхождение, а не на типичную русскую модель отчества. Встречается также вариант Клюфас с ударением на первый слог, что ближе к немецкому произношению. Сегодня фамилия крайне редка, её носители живут в основном в южных регионах России и на Украине, но точную статистику подсчитать трудно из-за малочисленности.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от литовского klūpas — «кривой», «согнутый». Но она не объясняет, почему фамилия появилась именно в тех регионах, где литовское влияние было минимальным, а немецкое — сильным. Поэтому основная гипотеза остаётся немецкой: предок Клюфас — это человек, получивший нелестное, но запоминающееся прозвище, которое и стало его фамилией.