Фамилия Клюпа — один из тех редких случаев, где за основу взято не имя, не профессия, а яркое диалектное прозвище. В её основе лежит слово «клюпа» или «клюп», которое в разных говорах означало не одно и то же, но всегда указывало на характерную особенность человека.

Наиболее вероятное значение — «кривой, косой» или «тот, кто косит глазами». В псковских и тверских говорах «клюпый» — это косоглазый. Соответственно, Клюпой могли прозвать человека с таким дефектом зрения. Менее распространённая версия отсылает к глаголу «клюпать» — хромать, прихрамывать. В этом случае прозвище давали по походке. Оба значения правдоподобны, но первое чаще встречается в ономастических источниках как базовое для фамилий подобного звучания.

Фамилия образована по простой модели: прозвище Клюпа + суффикс -ин (притяжательный суффикс, отвечающий на вопрос «чей?»). Получается: «чей сын?» — Клюпин. Однако сама фамилия закрепилась в форме Клюпа, без суффикса. Такой тип — «чистая» основа без патронимического окончания — характерен для украинских, белорусских и южнорусских фамилий. География бытования это подтверждает: фамилия Клюпа встречается в основном на Украине (особенно в Черниговской и Сумской областях) и в прилегающих районах России (Брянская, Курская области).

С социальной точки зрения, носители фамилии в XIX веке относились к крестьянскому и казачьему сословиям. Фамилия недворянская, не книжная — она выросла из устного обихода, из прозвища, которое давали в деревне.

В написании фамилии возможна вариативность: встречается как Клюпа, так и Клюппа (с удвоенной «п»), но первый вариант — основной и исторически более точный. В целом, фамилия редкая, не попавшая в массовые списки, что делает её особенно ценной для семейной истории: она не «обезличена» частотностью, а сохраняет прямую связь с конкретным прозвищем предка.