Фамилия Кнестюкова — женская форма, а её мужской вариант — Кнестюков. Эта фамилия почти наверняка имеет искусственное, семинарское происхождение, что сразу выделяет её из массы фамилий, образованных от крестьянских прозвищ или профессий. Основа здесь — латинское слово «кнестус» (caestus), которое в античности обозначало кожаную перчатку с металлическими вставками, аналог современного кастета. В латинском языке это слово писалось через «ае» — caestus, но в церковной и академической среде XVIII–XIX веков его часто передавали кириллицей как «кнест».

Семинарии, где будущие священники получали фамилии, были главным источником таких «учёных» образований. Преподаватели нередко давали ученикам фамилии, образованные от латинских или греческих слов, чтобы подчеркнуть их образованность или просто отличить от однофамильцев. Кнестюков — один из таких случаев. Суффикс -юк- в данном контексте необычен: обычно он встречается в западнорусских и украинских фамилиях (Ковальчук, Павлюк) и указывает на сына или ученика. Но в семинарской среде его могли использовать как стилизацию, создавая ощущение «народности» при латинском корне. Получается гибрид: книжное латинское слово + простонародный суффикс.

Прозвище «Кнест» или «Кнестя» в среде крестьян или посадских людей маловероятно: слово было чуждо бытовой речи. Поэтому искать корни фамилии в ремесле или личных качествах предка, скорее всего, бесполезно. Носитель фамилии Кнестюков — потомок человека, получившего её в духовном училище или семинарии, вероятно, в центральных или южных губерниях Российской империи, где была развита система церковного образования.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. Если судить по современным данным, основная масса носителей живёт на юге России и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает связь с духовенством: после революции многие священники и их дети мигрировали именно в эти регионы. Таким образом, Кнестюков — не «ремесленная» и не «географическая» фамилия, а книжная, интеллигентская по происхождению, за которой стоит не профессия кузнеца или рыболова, а латынь, церковная школа и судьба человека, чей предок учился «на попа».