Фамилия Книженцев — один из тех случаев, когда основа говорит сама за себя, но не так прямолинейно, как кажется на первый взгляд. Корень «книг-» / «книж-» очевидно связан с книгой, однако суффикс «-енцев» указывает на сложную словообразовательную цепочку, характерную для фамилий, возникших не из прямого прозвища, а из производного названия человека по роду занятий или месту.

Вероятнее всего, фамилия образована от слова «книжник». В древнерусском языке книжником называли не просто грамотного человека, а переписчика книг, учёного монаха или человека, сведущего в Священном Писании. От «книжник» через притяжательное прилагательное «книжников» (чей? — сын книжника) и фамильный суффикс «-цев» (вариант «-овцев» после шипящих) получилась форма Книженцев. То есть буквально: «потомок того, кто был книжником». Такая модель типична для фамилий, где основа оканчивается на -ник: Звонарёвцев, Охотниковцев, Сторожевцев.

Менее вероятна, но не исключена версия происхождения от прозвища Книженя — так могли в шутку назвать начитанного или, наоборот, неграмотного человека (по принципу «говорящей» иронии). Однако в ономастике Б. Унбегауна указано, что фамилии с суффиксом «-енцев» чаще всего вторичны, то есть произведены от уже готовой фамилии на «-ов» или «-ев»: Книжников → Книженцев.

Географически фамилия редкая. Встречается преимущественно в центральных и южных областях России (Воронежская, Ростовская области), где были сильны традиции церковного и монастырского книжного дела. В переписных книгах XVII–XVIII веков носители подобных фамилий фиксировались среди посадских людей и духовенства, но не в высших сословиях.

Таким образом, предок носителя фамилии Книженцев с высокой долей вероятности имел отношение к книжной культуре — был переписчиком, дьячком, учителем грамоты или просто человеком, которого окружающие уважительно называли «книжником». Фамилия не утратила связи со своим корнем и сегодня звучит как указание на интеллектуальное ремесло в роду.