Фамилия Книжин — редкий случай, когда прозвище почти наверняка связано не с ремеслом, а с грамотностью или книжностью. Её основа — слово «книга», а суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Книжи» или «из семьи Книги». В русской ономастике такие фамилии обычно возникали в среде духовенства или приказных людей, где грамотность ценилась выше, чем в крестьянской среде.

Прозвище Книга могли дать человеку, который постоянно читал, переписывал книги или служил при церковной библиотеке. В XVI–XVII веках, когда книги оставались редкостью, книжника уважали, но и подшучивали над ним — отсюда фамилия могла закрепиться за начитанным, но не обязательно богатым человеком. В отличие от фамилий на -ский (типа Книжницкий), которые часто носили выпускники семинарий, Книжин — более ранняя, бытовая форма, зафиксированная в среде, где фамилии давали по личному качеству, а не по учебному заведению.

Географически фамилия встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда. Её носители могли жить и на севере, где грамотность среди крестьян была выше средней, и в центральных губерниях среди мелкого духовенства. Спорная версия — связь с тюркским «книж» (мех) или диалектным «книга» (опухоль) — маловероятна: слово «книга» общеславянское и прозрачное, искать иные корни нет оснований.

У фамилии есть однокоренные варианты: Книжников, Книгин, Книжкин. Книжин стоит особняком — он короче, без лишних суффиксов, и звучит как прямое указание на прозвище, а не на профессию. Это фамилия человека, которого в деревне или посаде называли просто «книга» — за то, что он читал, а не пахал.