Фамилия Книжкова — женская форма фамилии Книжков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Книжок. В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, здесь мы видим суффикс -ок, который в древнерусском языке часто придавал слову уменьшительно-ласкательный оттенок. То есть исходное прозвище означало не просто «книга», а «книжечка», «маленькая книга». Это сразу отсекает версию о том, что предок был крупным книжником или владельцем библиотеки — скорее всего, прозвище носило ироничный или бытовой характер.

Кого на Руси могли прозвать Книжком? Самый очевидный вариант — грамотея или писца, но не профессионального переписчика книг (таких чаще называли Книжниками), а человека, который умел читать и писать в окружении неграмотных крестьян. В среде, где книги были редкостью, даже умение разобрать церковную книгу или написать челобитную могло стать поводом для прозвища. Однако не исключено и более простое объяснение: Книжком могли дразнить того, кто постоянно носил с собой книгу, читал прилюдно или, наоборот, выглядел отрешённым, «как из книги».

Географически фамилия Книжков (и её женская форма) встречается редко — это не массовая фамилия, а локальная. Основные очаги — центральные и южные регионы России, а также Украина, где суффикс -ок в фамилиях встречается чаще. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель описана как характерная для украинской и белорусской ономастики, где -ок — один из самых продуктивных суффиксов. Поэтому, если ваши предки носили фамилию Книжков, есть большая вероятность, что они происходят из западнорусских земель или Малороссии.

С точки зрения социального контекста, Книжковы вряд ли принадлежали к дворянству — фамилии от «книжных» прозвищ редко давали аристократам. Скорее всего, это были мещане, однодворцы или государственные крестьяне, среди которых грамотность ценилась, но не давала привилегий. Любопытно, что однокоренные фамилии — Книжник, Книгин, Книгинский — встречаются чаще, но Книжков выделяется именно уменьшительным суффиксом, что делает её «младшей сестрой» в этом ряду.