Фамилия Книжов образована от прозвища или нецерковного имени Книж. В основе лежит слово «книга» — в древнерусском языке «книжь» или «книжица». Прямое значение — человек, связанный с книгами: либо грамотей, переписчик, библиотекарь, либо владелец книг. В эпоху, когда грамотность была редкостью, такое прозвище выделяло человека среди окружающих.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе Книж, указывая на принадлежность («чей?» — сын Книжа). Редкость фамилии в том, что основа «книж» почти не встречается в старых документах как самостоятельное имя. Чаще встречались формы Книжник, Книгочей. Поэтому Книжов могло быть не прозвищем, а усечённым вариантом от Книжников или Книжкин — через отбрасывание суффикса -ник, что иногда делали при оформлении фамилий в XVIII-XIX веках.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где книжное дело было развито при монастырях и церквях. В переписных книгах XVII века Книжовы встречаются среди посадских людей и церковных служителей, но массового распространения фамилия не получила. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от «книга» отмечены как редкие, что подтверждает: носители Книжова — потомки узкого круга книжных людей, возможно, дьячков или писцов.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Книжников, Книжкин — показывает, что Книжов стоит особняком: суффикс -ов вместо -ин или -ник указывает на более архаичную форму, где прозвище Книж воспринималось как личное имя, а не как указание на профессию. Это может говорить о том, что первый носитель получил прозвище не за занятие, а за характерное качество — например, за любовь к чтению или за то, что всегда носил с собой книгу.