Фамилия Книшов образована от прозвища или мирского имени Кныш. В основе лежит южнорусское и украинское слово «кныш» — так называли пшеничный хлеб, лепёшку, смазанную маслом или салом. Прозвище могли дать пекарю, торговцу сдобой или человеку, который любил хорошо поесть. В переносном смысле «кнышем» иногда называли прижимистого, себе на уме человека — в некоторых говорах слово приобрело оттенок скупости.

Модель образования типична для русских фамилий: основа Кныш- плюс патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Кныша»). Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Кнышо́в, хотя в бытовой речи встречаются варианты с ударением на первый. В украинской среде фамилия могла сохраниться без суффикса — Кныш, а форма Кнышов чаще встречается в среде, где действовала великорусская модель фамилеобразования.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — регионам, где слово «кныш» было в ходу. По сословной принадлежности предки Кнышовых, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам: прозвище от названия еды редко встречалось в дворянской среде. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется в Воронежской, Курской и Харьковской губерниях.

Редкая черта: в отличие от многих фамилий на -ов, у Кнышова не было варианта с «беглой гласной» (вроде Кнышев). Корень оставался устойчивым, что говорит о позднем закреплении фамилии в письменных источниках — уже после того, как слово «кныш» перестало быть живым прозвищем и превратилось в наследуемый родовой знак.