Фамилия Книшенко — украинская по модели образования, её выдают суффикс -енко и характерная основа. На Украине и на юге России фамилии на -енко означали буквально «маленький» или «сын такого-то»: Книшенко — сын или потомок человека по прозвищу Книш. Само прозвище Книш — это украинское название каравая, пшеничного хлеба особой выпечки. В старину книшом называли не просто хлеб, а ритуальное или праздничное угощение, которое пекли к свадьбам, крестинам и поминкам.

Откуда взялось такое прозвище у человека? Первая и самая очевидная версия: предок был пекарем или торговал хлебом. Вторая, не менее реальная: прозвище дали за внешность или характер — круглолицему, румяному, плотному человеку. В украинской традиции прозвища по еде были распространены: Борщ, Вареник, Паляныця. Книш стоит в том же ряду.

Фамилия Книшенко не относится к древним аристократическим родам, её носители — потомки казаков, крестьян или мещан. В реестрах Запорожского войска встречаются люди с похожими прозвищами, но фамилия в современном виде закрепилась позже, в XVIII–XIX веках, когда украинские земли вошли в состав Российской империи и начался массовый учёт населения.

Географически Книшенко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины: Полтавщина, Черкасчина, Слобожанщина. В России фамилия редкая, сосредоточена в южных регионах, куда переселялись украинские крестьяне. В написании возможны варианты Кнышенко через «ы» — это диалектная или орфографическая особенность, не меняющая значения.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Книшенко стоит рядом с Книшем (без суффикса), Книшовым (русская форма) и Книшевским (польская или шляхетская переделка). Но Книшенко — самая типичная украинская версия, которая прямо говорит о происхождении от прозвища, а не от географического названия.