Фамилия Кнышенко образована по типичной восточнославянской модели: к основе Кныш- добавили суффикс -енко, который в украинской и южнорусской традиции означал «сын» или «потомок» (Кнышенко — сын Кныша). Так что корень здесь — прозвище Кныш.

Сам Кныш происходит от диалектного слова «кныш»: в разных говорах так называли лепёшку с маслом, скоромную булочку с салом, круглый пирожок или пшеничный хлебец. Скорее всего, первый носитель прозвища был пекарем, булочником или поваром — это прямое указание на ремесло. Такие «профессиональные» прозвища в старину легко закреплялись и передавались детям, вытесняя крестильное имя.

Есть и вторая версия. В орловских говорах «кныш» означало низкорослого, приземистого человека. Если человек был невысоким и коренастым, его могли прозвать Кнышем по внешнему сходству с круглым, плотным пирожком. Оба объяснения правдоподобны, но первое — ремесленное — встречается чаще: прозвища по профессии были более устойчивы и понятны окружающим.

Фамилия Кнышенко распространена в основном на Украине и в южных областях России — там, где суффикс -енко является типичным для фамилий. Встречаются и однокоренные варианты: Кныш (без суффикса), Кнышев, Кнышов. Разница в суффиксе указывает на регион: -ов/-ев тяготеет к великорусским землям, -енко — к украинским.

Со временем прозвище Кныш полностью заменило наследственное имя в быту и документах, и уже от него пошла фамилия Кнышенко. Никакой связи с дворянскими родами или известными историческими личностями у неё нет — это рядовая фамилия, возникшая из прозвища простого человека, который либо пёк хлеб, либо был невысок ростом.