Фамилия Кнышук — восточнославянская по происхождению, образована по распространённой модели с суффиксом -ук/-юк, характерной для украинской и юго-западной белорусской ономастики. Этот суффикс в первую очередь указывал на принадлежность к роду или на происхождение от человека по прозвищу: Кнышук буквально означает «сын Кныша» или «потомок Кныша».

В основе фамилии лежит прозвище Кныш. В диалектах украинского и южнорусского языков «кныш» — это лепёшка с маслом, скоромная булочка с салом, круглый пирожок или пшеничный хлебец. Скорее всего, прозвище дали человеку по роду занятий: основатель фамилии мог быть поваром, пекарем или булочником. В орловских говорах, однако, Кнышом называли низкорослого, приземистого человека — так что не исключено, что прозвище описывало внешность, а не профессию.

Важная деталь: суффикс -ук в фамилии Кнышук указывает на регион бытования — это типичная украинская модель (сравните: Гнатюк, Павлюк, Ковальчук). В русских фамилиях чаще встречаются суффиксы -ов/-ев, поэтому Кнышук — яркий маркер западнорусских или украинских корней. Встречается и вариант написания Кнышучук, но он редок и, скорее всего, возник при переносе на русскую почву.

Фамилию не стоит путать с однокоренной Кнышов — там другой суффикс и, возможно, иная география. Кнышук же, как и другие фамилии на -ук, закрепилась в документах начиная с XVII–XVIII веков, когда украинское казачество и крестьянство переходило к фиксированным наследственным именованиям. Таким образом, предки современных Кнышуков жили на территории современной Украины или прилегающих землях Беларуси, и первый из них, скорее всего, был либо пекарем, либо человеком невысокого роста.