Фамилия Кнышев образована от прозвища Кныш. В основе лежит диалектное слово «кныш», которое в разных регионах имело схожие, но не identical значения: «лепёшка с маслом», «скоромная булочка с салом», «круглый пирожок» или «пшеничный хлебец». Скорее всего, прозвище указывало на профессию: предок мог быть поваром, пекарем или булочником. Такие «хлебные» фамилии встречаются нередко — вспомните Пирогова, Блинникова или Калашникова, но Кнышев стоит несколько особняком, потому что само слово «кныш» сегодня почти вышло из обихода и сохранилось в основном в диалектах.

Интересно, что в орловских говорах у прозвища было и другое значение: Кнышем называли низкорослого, приземистого человека. Если принять эту версию, фамилия могла закрепиться не за пекарем, а за человеком с характерной внешностью. В русской ономастике такое «раздвоение» смысла — обычное дело: одно и то же прозвище в разных местностях давали по разным причинам.

Суффикс -ев указывает на стандартную модель образования русских фамилий в форме притяжательного прилагательного: «чей?» — Кнышев, то есть сын или потомок Кныша. Фамилия фиксируется в южнорусских и центральных областях, что совпадает с ареалом бытования слова «кныш». В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с этим прозвищем, но точных дат и имён для утверждения «родоначальника» нет — фамилия относится к числу древних, но не «знатных», то есть возникла в среде простых сословий.