Фамилия Кнышева — женская форма от Кнышев, а та, в свою очередь, произошла от прозвища Кныш. Разбирать её стоит с основы, а не с суффикса: здесь всё прозрачно, ключ именно в прозвище. Мужское прозвище Кныш давали по двум разным линиям, и обе имеют право на существование.

Первая версия — «профессиональная». В диалектах, особенно южнорусских, «кныш» — это сдобная лепёшка, скоромная булочка с салом или круглый пшеничный хлебец. Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, был поваром, пекарем или булочником. Такие «хлебные» фамилии встречаются часто: от тех же Калач, Пирогов, Блинников. Вторая версия — описательная, по внешности. В орловских говорах Кнышом называли низкорослого, приземистого человека. То есть прозвище могло закрепиться за человеком невысокого роста и плотного телосложения.

Какая из версий правдоподобнее? Точного ответа нет, но важно, что обе укладываются в логику народных прозвищ. Слово «кныш» общеславянское, родственное польскому и украинскому «книш» (тот же вид выпечки), так что профессиональная версия поддержана широкой языковой традицией. Версия про низкорослость более узкая, локальная.

Суффикс -ев в фамилии Кнышев (а не -ов) — чисто фонетическое явление: после мягкого согласного «ш» пишется «е», а не «о». По модели образования это типичная русская патронимическая фамилия: «чей?» — «Кнышев», то есть сын Кныша. В женском роде — Кнышева.

По сословию носителей фамилии ничего сказать нельзя: Кныш — прозвище недворянское, встречалось и среди крестьян, и среди мещан, и среди казачества. География бытования — преимущественно юг России, Украина, Белгородская, Курская, Воронежская области, где слово «кныш» было в ходу.