Фамилия Кнышова — женская форма фамилии Кнышов, а та, в свою очередь, образована от прозвища Кныш. В основе лежит диалектное слово «кныш» — так в южнорусских говорах называли лепёшку с маслом, сдобную булочку с салом или круглый пшеничный хлебец. Скорее всего, прозвище указывало на профессию: предок мог быть пекарем, булочником или поваром, который пёк такие пирожки.

Но есть и другая версия, не связанная с ремеслом. В орловских говорах «кныш» означало низкорослого, приземистого человека. Прозвище могли дать по внешнему признаку — коренастому или невысокому сложению. Оба варианта правдоподобны, но «профессиональная» гипотеза встречается в ономастических работах чаще: прозвища по роду занятий — один из самых распространённых источников русских фамилий.

Суффикс -ов в мужской форме указывает на типичную модель образования русских фамилий: принадлежность к роду человека по прозвищу. Кнышова — это буквально «дочь или жена Кнышова». Фамилия недворянская, из крестьянской или мещанской среды, где прозвища закреплялись за целым родом.

Встречается фамилия в основном в южных и центральных областях России — там, где слово «кныш» было в ходу. В написании возможны варианты через «е» (Кнешов), но форма через «ы» — основная и исторически более точная.