Фамилия Кнышов образована от прозвища Кныш. В его основе лежит диалектное слово «кныш» — так в южных и западных областях России называли лепёшку с маслом, скоромную булочку с салом или круглый пшеничный хлебец. Скорее всего, прозвище относилось к «профессиональным» именованиям: родоначальник фамилии мог быть пекарем, поваром или булочником, и окружающие запомнили его по роду занятий.

Но это не единственная версия. В орловских говорах «кныш» имело переносное значение — так говорили о низкорослом, приземистом человеке. Внешняя особенность тоже могла закрепиться за носителем и перейти в прозвище. Оба варианта правдоподобны, но профессиональная версия встречается в ономастических источниках чаще — она типична для фамилий, образованных от названий ремесла.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Кнышов — это «сын Кныша» или «из рода Кныша». Форма типична для русских фамилий, особенно для тех, что закрепились в центральных и южных регионах. В украинской и белорусской традиции фамилия чаще звучала бы как Кныш (без суффикса), а русский вариант Кнышов как раз указывает на адаптацию прозвища в среде, где действовала модель «прозвище + -ов».

Фамилия редкая, но встречается в документах с XVII века. В переписных книгах и ревизских сказках Курской, Орловской и Воронежской губерний попадаются крестьяне и однодворцы с этой фамилией — это подтверждает её диалектную, южнорусскую основу.