Фамилия Кнышинский вряд ли связана с украинским городом Кнышин (ныне территория Польши) — скорее всего, её основа — польское или западнорусское прозвище. Разберём по частям. Корень «кныш» в восточнославянских говорах означал «сдобная лепёшка», «пирожок»; в польском knysz — то же самое. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность кому-то: Кнышин — буквально «тот, кто относится к Кнышу». А финальное «-ский» — типичный формант для польской и западнорусской шляхты, образующий фамилии по названию места или владельца. Получается, Кнышинский — это человек из поселения Кнышино или из рода Кнышей.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в два этапа. Сначала появилось прозвище Кныш — его мог получить пекарь, любитель сдобы или просто человек с круглым, румяным лицом. Затем от него образовалось отчество Кнышин («сын Кныша»), а уже от отчества — фамилия Кнышинский по модели, характерной для мелкой шляхты и крестьян, переселявшихся на новые земли в XVI–XVIII веках. В Речи Посполитой такие фамилии нередко давали при записи в реестры, чтобы подчеркнуть «благородное» происхождение, хотя на деле носитель мог быть и крестьянином.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: современная Западная Беларусь, Подляшье, Волынь. Встречаются варианты написания — Книшинский, Кнышынский — что связано с диалектным произношением и канцелярской записью на слух. В России фамилия редкая, её можно встретить в центральных областях, куда переселялись выходцы из западных губерний после разделов Польши.

Спорных версий тут немного. Иногда корень «кныш» путают с тюркским «кныш» (скряга), но это маловероятно для фамилии с польским суффиксом: скорее всего, перед нами чисто славянское прозвище по кулинарному признаку. Иного — сословного или громкого — за фамилией не числится: носители Кнышинских в основном были крестьянами и мещанами, и известных исторических фигур с такой фамилией не зафиксировано.