Фамилия Книжина — женская форма фамилии Книжин. В её основе лежит прозвище Книжа, но происхождение этого прозвища спорно и допускает как минимум две версии.

Первая версия связывает прозвище Книжа с немецким городом Мекленбург, который в обиходе называли Kniess или Knez. Выходца из этого города могли прозвать Книжей. Эта гипотеза объясняет фамилию как указание на географическое происхождение предка.

Вторая версия ведёт прозвище от литовского глагола kniesti — «заботить», «лежать на сердце». В таком случае Книжей могли назвать человека заботливого, тревожного или, напротив, излишне суетливого. Эта версия кажется менее убедительной, так как литовские корни в русских фамилиях встречаются реже, чем топонимические.

Фамилия Книжин (и Книжина) редкая, но встречается в архивных документах. В Книге памяти Иркутской области записан Книжин Яков Моисеевич, еврей, родившийся в 1888 году в Башкирии (Аургазинский район). Эта запись показывает, что носители фамилии жили в разных регионах и могли принадлежать к разным сословиям и национальностям.