Фамилия Кижина — женская форма фамилии Кижин, и её происхождение напрямую связано с основой «киж-». Эта основа многозначна, и чтобы понять, откуда пошла фамилия, нужно разобрать два основных варианта.

Первый и самый вероятный — прозвище от слова «кижа» или «киж». В русских говорах, особенно северных, «кижа» могла означать либо нечто согнутое, скрюченное (от глагола «кижить» — гнуть, коробить), либо, наоборот, непоседу, егозу (в некоторых диалектах «киж» — беспокойный человек). Человек с такой фамилией в основе мог получить прозвище по характерной осанке или по живому, суетливому нраву. Оба значения хорошо ложатся в модель образования прозвищ, характерных для русской ономастики.

Второй, более редкий вариант — топонимический. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта, например, деревни Кижино или Кижа, которые встречаются на Русском Севере. В этом случае предок Кижиных — выходец из такого места. Связь с знаменитым Кижами (островом в Карелии) маловероятна: топоним «Кижи» обычно связывают с карельским «kizzi» (игрище) или вепсским «kiz» (мох), что не даёт прямого производного для фамилии на -ин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кижин буквально означает «чей-то сын» или «человек из рода Кижи». Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, что говорит о древности основы.

Географически фамилия Кижина встречается преимущественно в центральных и северо-западных регионах России, что косвенно подтверждает северное происхождение основы. Сословно предки Кижиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — прозвища редко давали дворянам, а топонимические фамилии такого типа чаще всего возникали в среде свободных общинников.

Если спорить о версиях, то прозвищная (от «кижи» — непоседа или сгорбленный) выглядит убедительнее топонимической: слишком много в русском языке однокоренных слов с похожим значением, и модель «прозвище + -ин» встречается чаще, чем «название деревни + -ин» для таких коротких основ.