Фамилия Кишина образована от имени или прозвища Киша. В русской ономастике это уменьшительная форма одного из полных крестильных имён: чаще всего — Акима (церковная форма Иоаким) или Иннокентия. В бытовой речи XVI–XVII веков такие усечения были нормой: Киша, Кирша, Миша. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Киши. То есть предок носителя фамилии был либо Кишей, либо его прямым потомком.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В южнорусских и украинских говорах «киша» — это мелкий дождь, изморось. Прозвище Киша могли дать человеку, который вечно ходил с мокрым лицом, плакал без причины или работал в сырости. Но такое объяснение уступает первому по частотности: фамилии от календарных имён в России встречаются в десятки раз чаще, чем от диалектных природных явлений.

Географически фамилия Кишина не привязана к одной области — она встречается и в центральных регионах, и на юге, и даже в Сибири. Это говорит о том, что имя Киша было распространено повсеместно, а не только в каком-то одном говоре. В дореволюционных метрических книгах Кишины записаны и среди крестьян, и среди мещан — сословной монополии на фамилию не было.

Редкий случай: фамилия почти не даёт вариантов для спора. Имена Аким и Иннокентий в народной форме Киша — факт, зафиксированный в словарях личных имён (например, у А. В. Суперанской). Поэтому основная версия надёжна, а диалектная — лишь любопытное дополнение для тех, кто хочет копнуть глубже.