Фамилия Книжниковы — одна из тех, что сразу указывает на род занятий или образ жизни предка. В её основе лежит прозвище Книжник, которое в старину было многозначным. Так могли назвать и учёного человека, знающего Священное Писание, и учителя Закона Божия, и просто грамотея, любителя книг. Но чаще всего прозвище закреплялось за человеком по роду его деятельности: разносчиком книг, букинистом или писцом, который переписывал книги или составлял их.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ов- (в форме множественного числа — -овы) присоединился к основе прозвища. Это типичный патроним, отвечающий на вопрос «чьи?» — то есть «дети Книжника». Такая модель была самой массовой в русских фамилиях и закрепилась в центральных областях России, где жило большинство грамотного посадского и церковного люда.

Интересно, что прозвище Книжник могло нести и социальный оттенок. В допетровской Руси книжность была уделом узкого круга — духовенства, приказных дьяков и подьячих. Поэтому предок Книжниковых, скорее всего, относился к этому слою: либо служил при церкви, либо работал в приказной избе, либо входил в корпорацию писцов при монастырях. В любом случае, прозвище выделяло его на фоне большинства неграмотных крестьян.

О точном месте и времени возникновения фамилии сказать сложно: процесс формирования фамилий у разных сословий растянулся на столетия. У крестьян Книжниковы могли появиться только после отмены крепостного права, а у духовенства или купечества — значительно раньше, в XVI–XVII веках. Но в любом случае фамилия остаётся памятником славянской письменности и культуры, напоминая о тех, кто нёс грамоту в народ.