Фамилия Книжникова образована от прозвища Книжник — и это один из тех редких случаев, когда за фамилией стоит не одна, а сразу несколько социальных ролей предка. В старину Книжником называли не просто грамотея, а человека, чья жизнь была связана с книгой профессионально или духовно. Самое очевидное и частое значение — разносчик и продавец книг, букинист. Но прозвище могли дать и ученому, знатоку Священного Писания, толкователю Закона Божия, а также просто охотнику до чтения — любителю книг. В любом случае основа указывает на занятие или устойчивое качество, а не на имя или внешность.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов- (в женском роде — -ова) присоединился к основе Книжник. Такая фамилия означает «принадлежащий Книжнику» или «из семьи Книжника». Интересно, что в основе лежит не просто слово «книга», а именно прозвищное имя с суффиксом -ник, который в древнерусском языке часто обозначал человека по его роду деятельности (ср. плотник, охотник, сапожник). То есть Книжник — не тот, кто любит читать, а тот, кто делает книги или торгует ими, хотя второе значение тоже бытовало.

Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, сословной привязки у неё нет. Книжниковыми могли быть и крестьяне, и купцы, и священнослужители — всё зависело от того, кто в конкретной местности носил прозвище Книжник. В документах XVII–XVIII веков эта фамилия встречается в разных регионах, но особенно часто — в центральной России и Поволжье, где книжная торговля была развита. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с суффиксом -ник-ов отмечена как продуктивная для обозначения профессий, что подтверждает: Книжникова — типичная «профессиональная» фамилия, хоть и с книжным, не ремесленным оттенком.

Стоит обратить внимание на то, что у фамилии есть мужской вариант — Книжников, но в быту и документах форма Книжникова часто воспринимается как самостоятельная, особенно в женском роде. В некоторых говорах прозвище Книжник могло звучать иронически — так дразнили слишком начитанного или оторванного от жизни человека, но это скорее исключение. Основной пласт носителей фамилии — потомки тех, кто зарабатывал на жизнь книгой: от букинистов до сельских учителей грамоты.