Фамилия Кобалиа звучит не по-русски, и это сразу заметно. Её основа — Кобал- — и окончание -иа указывают на грузинское происхождение. В грузинском языке фамилии с суффиксом -иа (реже -ия) типичны для западной части страны, особенно для Мегрелии и Имеретии. Такие окончания, как -иа, -дзе, -швили, — это не просто родовые маркеры, а указатели на определённые исторические области: -иа чаще встречается в мегрельском ареале.

Корень Кобал-, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу. В грузинском языке есть слово «коба» (кобал) — так называли вид дикой кошки, камышового кота, или же это могло быть уменьшительное от имени Якоб (Иаков) в местной огласовке. Вторая версия правдоподобнее: в Грузии имя Коба (как вариант Иакоба) было достаточно распространённым, а суффикс -иа образовывал от него фамилию по типу «принадлежащий Кобе» или «потомок Кобы». Таким образом, Кобалиа — это, вероятно, «из рода Коба».

Искать помещиков или дворян среди первых носителей не стоит: фамилии на -иа в массе своей крестьянские, указывающие на происхождение из определённого села или семьи. В Российской империи, после присоединения Грузии, такие фамилии фиксировались в метриках и ревизских сказках без изменений, так как русская администрация обычно не русифицировала грузинские окончания — в отличие, скажем, от тюркских или финно-угорских.

Стоит отметить, что фамилия Кобалиа не имеет ничего общего с русскими фамилиями на -ов/-ев, хотя на слух её иногда путают с украинской или польской (сравните Кобаль, Кобальский). Это типичная ошибка: в русском языке нет суффикса -иа, и фамилия остаётся «чужой» по форме, что и помогает сразу определить её этническое происхождение. В современной России носители Кобалиа — это почти всегда потомки грузинских переселенцев, сохранивших фамилию в исходном виде.