Фамилия Коботов образована от прозвища Кобот, а оно, в свою очередь, восходит к древнерусскому слову «коботъ». В диалектах так называли короткую верхнюю одежду, род куртки или безрукавки. Слово это — общеславянское, родственное польскому «kobiec» или чешскому «kabát» (пальто, пиджак). Таким образом, прозвище Кобот мог получить человек, который шил такую одежду, торговал ею или просто часто её носил. В некоторых говорах «коботом» называли и мешок, так что не исключена и шуточная основа — прозвище полного или неповоротливого человека.

Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Коботов, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого), и здесь мы видим типичный случай прозвищной основы. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Коботов — это сын Кобота, потомок человека с таким прозвищем.

Любопытная деталь: слово «кобот» почти исчезло из современного русского языка, но оставило след в виде фамилии. Встречаются и однокоренные варианты — Кобот, Коботкин, Коботяк. Все они редки и не имеют массовой географии, что типично для фамилий, образованных от устаревших слов. В отличие от фамилий на -ин или -ский, которые часто указывают на конкретное место, модель на -ов здесь просто фиксирует семейное прозвище, без привязки к сословию или территории.

Версия о происхождении от личного имени Кобот (как производного от христианского Иаков или языческого с корнем «кобь» — в значении колдовства, гадания) менее правдоподобна. Словарь древнерусских личных имён С. Б. Веселовского не фиксирует такого имени, а вот прозвище, данное по предмету одежды, — типичный и понятный путь для русской фамилии.